《适用办法》共25条，分为五个章节，分别为总则、行政处罚裁量档次的划分及其适用情形、行政处罚裁量权的实施规则及程序、对行政处罚裁量权行使的监督、附则。

第一章总则。共6条。明确了《适用办法》的起草依据，医疗保障基金使用监督管理行政处罚裁量权、裁量基准的定义，医疗保障基金使用监督管理行政处罚工作坚持的原则。

第二章行政处罚裁量档次的划分及其适用情形。共5条。详细规定了针对各类违法行为分别设定从轻处罚、一般处罚、较重处罚、从重处罚四个裁量档次；明确了不予处罚、从轻或减轻处罚、从重处罚的适用情形。

第三章行政处罚裁量权的实施规则及程序。共7条。明确医疗保障行政部门给予从轻处罚、一般处罚、较重处罚、从重处罚的，应当在法定行政处罚种类和幅度内进行，对具体内容加以规范。明确当事人享有知情权、陈述权、申辩权，明确不得以行政处罚代替追究刑事责任。

第四章对行政处罚裁量权行使的监督。共3条。明确对医疗保障行政部门行使行政处罚裁量权监督的内容，明确各级医疗保障行政部门应当加强对下级医疗保障行政部门行使行政处罚裁量权的监督、指导。强调医疗保障基金监管行政执法人员滥用行政处罚裁量权的，依法追究其行政责任。

第五章附则。共4条。明确建立医疗保障基金监管行政执法案例库，发挥典型案例指导规范作用；明确《裁量基准》未作规定的违法行为，参照本办法的相关要求作出行政处罚；明确本《适用办法》时效相关内容。